Lennon i Yoko Ono

W połowie lat sześćdziesiątych Lennon spotkał japońską artystkę, uczestniczkę formacji plastycznej Fluxus – Yōko Ono. Znajomość ta szybko przekształciła się w miłość i zaważyła na dalszym życiu Lennona. Spotkanie z Ono zbiegło się w czasie z rosnącą u niego (a także i pozostałych Beatlesów) fascynacją ideami ruchu hipisowskiego. Fascynacja ta obejmowała szereg aspektów (m.in. pacyfizm, eksperymenty z narkotykami, zainteresowanie religiami Wschodu). Wszystkie one znajdowały swoje odzwierciedlenie w twórczości Beatlesów (zwłaszcza na płytach Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band czy Magical Mystery Tour). Przyczyniło się to w pewnym stopniu do popularyzacji niektórych idei "Dzieci Kwiatów".

Związek z Yōko zaowocował również w prywatnym życiu Lennona: w 1975 urodził im się syn, Sean Lennon, drugie dziecko muzyka (pierwszym jest Julian Lennon, syn z pierwszego małżeństwa z Cynthią Lennon).

Wielu fanów zespołu The Beatles jest skłonnych oskarżać Yōko Ono o doprowadzenie do rozpadu zespołu. Istotnie od połowy lat sześćdziesiątych Lennon coraz częściej angażował się w muzyczne i pozamuzyczne projekty z Ono. Nagrał z nią dwie płyty stanowiące frapujące, lecz bardzo "awangardowe" kolaże dźwiękowe. Lennon i Ono stworzyli również parę etiud filmowych – m.in. Self-Portrait. John uznawał, że jeżeli Yoko ma na niego istotny wpływ, powinna być z nim wszędzie. Złamał więc zasadę, jaka obowiązywała w zespole, iż osób trzecich (czyli żon, przyjaciół, osób spoza zespołu) nie przyprowadza się do studia. A Yoko uzyskała swój udział w "White Album", gdzie umieszczono jej głos w piosence "The Continuing Story Of Bungalow Bill".

Do historii przeszły także akcje Lennon i Yōko Ono na rzecz pokoju, organizowane pod koniec lat sześćdziesiątych. Jedną z takich akcji był happening bed-in w 1969. Podczas swojej podróży poślubnej, w pokoju hotelowym jednego z amsterdamskich hoteli, przez tydzień Lennon i Ono nie wychodzili z łóżka, urządzając swoistą konferencję prasową, podczas której wypowiadali się na temat możliwości doprowadzenia do ogólnoświatowego pokoju. Lennon nagrał także w tym czasie z udziałem chóru przypadkowych osób utwór Give Peace a Chance, który stał się najprawdopodobniej najczęściej śpiewanym utworem podczas demonstracji antywojennych – zarówno w tamtych latach jak i trzydzieści pięć lat później podczas demonstracji przeciwko wojnie z Irakiem. Wtedy to bowiem swoją wersję tego przeboju nagrał syn Johna Lennona, Sean.